MySQL Workbench běží na Windows a Linux. Komerční verze vám umožní zpětně analyzovat a upravovat strukturu živé databáze, s tou bezplatnou musíte nejprve vypsat strukturu do souboru. Jeho předek DBDesigner je o něco starší, ale nemá toto omezení. Windows a Linux také.
Pokud jsou tyto dva přehnané, můžete to zkusit pomocí HeidiSQL , potomek MySQLFront. Běží pouze na Windows, ale existuje i alfa verze běžící na Javě.