Můžete se podívat na LOAD DATA INFILE v MySQL.
Možná budete moci provádět manipulace, jakmile jsou data načtena do MySQL, spíše než je nejprve číst do PHP. Nejprve uložte nezpracovaná data do dočasné tabulky pomocí LOAD DATA INFILE a poté transformujte data do cílové tabulky pomocí příkazu, jako je tento:
INSERT INTO targettable (x, y, z)
SELECT foo(x), bar(y), z
FROM temptable