Může to být magic_quotes_gpc . Můžete ověřit, že je vypnutý?
Zde je způsob, jak to vypnout:http://php.net/ manual/cs/security.magicquotes.disabling.php
Také používáte připravená prohlášení? PHP PDO/MySQLI automaticky unikne za vás. Záleží na typu dotazů, které používáte.