Tento problém jsem vyřešil. Důvodem, proč k této chybě dochází, jsou bezpečnostní omezení Tomcat.
Do $TOMCAT-CONFIG/policy.d/04webapps.policy musíte přidat následující řádek
permission java.net.SocketPermission "127.0.0.1:3306", "connect";
Funguje to pro mě, doufám, že to bude fungovat i pro vás :)