Vytvořte dočasnou tabulku (obsahující pouze hodnoty value1 a value2) a naplňte ji hromadně (tj. potenciálně to můžete provést jediným příkazem insert). Poté proveďte aktualizaci pomocí spojení mezi vaší existující tabulkou a dočasnou tabulkou.
Něco jako
INSERT INTO SomeTempTable(id, some_id)
VALUES (1,2), (3,4), (5,6), .......
UPDATE A
INNER JOIN
SomeTempTable ON A.id = SomeTempTable.id
SET
A.some_id = SomeTempTable.some_id;