Ano, alespoň jeden případ je podstatně pomalejší. Pokud definujete pouze následující index:
ALTER TABLE ... ADD INDEX (a, b);
... pak dotaz SELECT * FROM ... WHERE B = 1; nebude tento index používat.
Při vytváření indexu pomocí složeného klíče je důležité pořadí sloupců klíče. Doporučuje se zkusit seřadit sloupce v klíči pro zvýšení selektivity, přičemž nejselektivnější sloupce jsou nalevo od klíče. Pokud to neuděláte a jako první část klíče vložíte neselektivní sloupec, riskujete, že index vůbec nepoužijete. (Zdroj:Tipy pro optimalizaci SQL Server Composite Index )