- Uchovávejte kód odděleně od konfiguračních a jinak proměnných souborů (nahrané obrázky, soubory mezipaměti atd.)
- Uchovávejte také moduly odděleně od hlavního kódu.
- Ujistěte se, že váš kód má oprávnění k systému souborů ke změně (použijte například SuPHP).
Pokud to uděláte, nejjednodušší by bylo kompletně stáhnout novou verzi (žádné přírůstkové opravy) a rozbalit ji do adresáře sousedícího s adresářem obsahujícím aktuální verzi. Protože v adresáři kódu nebudou soubory s proměnnými, stačí odstranit nebo přejmenovat starý a přejmenovat nový, abyste jej nahradili.
Číslo verze můžete ponechat v globální konstantě v kódu.
Co se týče MySQL, neexistuje jiný způsob, než vytvořit upgradovací skript pro každou verzi, která změní rozložení DB. Dokonce ani automatická řešení pro změnu definice tabulky nemohou vědět, jak aktualizovat existující data.