Ano, MySQL používá váš index k řazení informací, když je pořadí podle seřazeného sloupce.
Také pokud máte indexy ve všech sloupcích, které jste přidali do SELECT klauzule, MySQL nenačte data ze samotné tabulky, ale z indexu (což je rychlejší).
Rozdíl mezi kombinovanými a samostatnými indexy je v tom, že MySQL nemůže používat více než jeden index na dotaz, takže pokud váš dotaz filtruje podle mnoha sloupců a chtěli byste jej správně indexovat, budete muset vytvořit kombinovaný index všech sloupců.
Než však do tabulek přidáte spoustu indexů, nezapomeňte, že každý index zpomaluje operace vkládání/aktualizace/odstranění.
Velmi bych také doporučil High Performance MySQL kniha od O'Reillyho, která do hloubky pokryje všechny tyto problémy a spoustu dalších rad, které potřebujete abyste věděli, že opravdu dokážete používat MySQL na maximum.