Ano, může to mít vliv.
Tyto dva indexy samozřejmě zabírají místo na disku a také v paměti, pokud jsou používány.
Ale také způsobí, že optimalizátor dotazů udělá více práce při výpočtu přínosu každého indexu během každého SELECT. Čím více indexů máte, tím více případů musí porovnávat. Vyplatí se tedy eliminovat skutečně nadbytečné indexy.
Jak si také všimli jiní, indexy se aktualizují během operací INSERT/UPDATE/DELETE, takže čím více indexů máte, tím větší režii to představuje. Indexy, které jsou hojně využívány, ospravedlňují svou vlastní režii, ale duplicitní indexy zabírají vyšší režii bez dalších výhod, které by se shodovaly.
Pokud máte zájem, Percona Toolkit má nástroj pt-duplicate-key-checker který prohledá všechny vaše tabulky pro případy, jako je tento.