Nepoužíváte SQLAlchemy místo MySQLdb – SQLAlchemy používáte pro přístup k něčemu jako MySQLdb, oursql (další ovladač MySQL, o kterém jsem slyšel, že je hezčí a má lepší výkon), modul sqlite3, psycopg2 nebo jakýkoli jiný databázový ovladač, který používáte.
ORM (jako SQLAlchemy) pomáhá abstrahovat podrobnosti o databázi, kterou používáte. To vám umožní uchovat si od zatracených podrobností databázový systém, který používáte, vyhnout se někdy možnosti chyb (a zavést možnost jiných) a portování je triviální (alespoň teoreticky).