Měl jsem úplně stejný problém. Spuštění kill příkaz by proces zabil, ale v mém případě by se znovu objevoval pod jiným ID procesu.
Jediný způsob, jak jsem mohl přijít na to, jak to navždy zastavit, bylo toto:
sudo stop mysql
Doufám, že to pomůže.
Zdroj:http://www.itfromscratch.com/ how-to-stop-the-percona-mysql-server/