Nejsem si jistý, zda mám dostatek informací, abych mohl plně zodpovědět vaši otázku, ale funkce Native Query Hibernate vám umožní načíst soubor tímto způsobem.
session.createSQLQuery("LOAD DATA INFILE :filename INTO TABLE testtable (text,price)").setString("filename", "/path/to/MyFile.csv").executeUpdate();