Pružinová data JPA pouze jeden složený klíč je problém s automatickým zvýšením

Vaše JPA @Id nemusí odpovídat sloupcům databáze PK. Dokud je jedinečný, pak je to jediné, na čem záleží.

Z https://en.wikibooks.org/wiki/Java_Persistence/Identity_and_Sequencing :

Protože je zaručeno, že sloupec s automatickým přírůstkem bude jedinečný, stačí jako @ID použít gender_key a id mapy jako normální sloupec.

@Entity
@Table(name = "employee")
public class employee {

   @Id
   @GeneratedValue(strategy = GenerationType.IDENTITY) 
   private int genderKey;

   @Column
   private int id;

}

Abych byl upřímný, vaše schéma by mi však připadalo matoucí.

Doporučuji také přečíst si následující:

https://www.javatpoint.com/java-naming-conventions