Potlačit výstup varování v bash

mysql_tzinfo_to_sql /usr/share/zoneinfo 2>/dev/null | mysql -u root mysql

Příkaz, který vytváří chybový výstup do STDERR, je první příkaz, nikoli druhý. Umístěte přesměrování STDERR před kanál a to by mělo váš problém vyřešit.