Vidím, že tato otázka je poměrně stará, ale pro každý případ:
eCryptfs lze považovat za souborový systém, takže byste jej měli pouze připojit a poté nasměrovat své MySQL datadir
do připojeného adresáře. Jedinou nevýhodou je, že se zdá, že nepodporuje O_DIRECT, ale nemyslím si, že to MySQL používá, že?