Optimalizace MySQL na spojovacích tabulkách s kritérii rozsahu

chrom_only je pravděpodobně špatný výběr indexu pro vaše spojení, protože máte pouze hodnoty chrom 22.

Pokud jsem to správně interpretoval, dotaz by měl být rychlejší při použití start_end

SELECT `inVar`.chrom, `inVar`.pos, `openChrom_K562`.score
FROM `inVar`
LEFT JOIN `openChrom_K562`
USE INDEX (`start_end`)
ON (
`inVar`.chrom=`openChrom_K562`.chrom AND
`inVar`.pos BETWEEN `openChrom_K562`.chromStart AND `openChrom_K562`.chromEnd
)