mysqlhotcopy nefunguje v určitých případech, kdy je zámek čtení ztracen, a nefunguje s tabulkami INNODB.
mysqldump je více využívaný, protože dokáže zálohovat všechny druhy tabulek.
Z dokumentace MySQL
mysqlhotcopy je skript v Perlu, který původně napsal a přispěl Tim Bunce. K rychlému vytvoření zálohy databáze používá LOCK TABLES, FLUSH TABLES a cp nebo scp. Je to nejrychlejší způsob, jak vytvořit zálohu databáze nebo jednotlivých tabulek, ale lze jej spustit pouze na stejném počítači, kde jsou umístěny adresáře databází. mysqlhotcopy funguje pouze pro zálohování tabulek MyISAM a ARCHIVE. Běží na Unixu a NetWare
mysqldump klient je zálohovací program původně napsaný Igorem Romaněnkem. Může být použit k výpisu databáze nebo kolekce databází pro zálohování nebo přenos na jiný SQL server (ne nutně MySQL server). Výpis obvykle obsahuje příkazy SQL pro vytvoření tabulky, její naplnění nebo obojí. Mysqldump však lze také použít ke generování souborů ve formátu CSV, jiného textu s oddělovači nebo formátu XML.
Ahoj.