Můžete se podívat na úpravu těchto vlastností serveru mysql:
nano /etc/mysql/my.cnf
query_cache_size=16M
key_buffer_size=256M
Nebo možná dokonce zkuste zvýšit povolenou dobu provádění dotazu z klienta mysql:
SET GLOBAL MAX_STATEMENT_TIME=1000;
před provedením dotazu.