Vzhledem k tomu, že se díváte na docela rovnoměrnou kombinaci provozu čtení/zápisu, je InnoDB lepší volbou. Zámky celého stolu MyISAM na každém zápisu by byly pravděpodobně vražda. MyISAM funguje lépe s 90 %+ čtením nebo 90 %+ zápisem.
Domnívám se, že je to zmíněno v Vysoce výkonné MySQL