Problém je ve formátu vašich dat json, která pocházejí z (asociativního) pole $output. ty '"PER" v něm nechcete! zkuste nahradit tyto řádky kódu:
while($e=mysql_fetch_assoc($q))
$output[]=$e;
print(json_encode($output));
s těmito:
while($e=mysql_fetch_assoc($q))
$output[]=$e["PER"];
print ('['.json_encode($output).']');
to změní $output z asociativního pole na standardní pole celých čísel.
a tisková čára přidá další hranaté závorky kolem dat json - což jqplot vyžaduje.