Výběr a vložení do více databází pomocí MySQL

Použijte:

INSERT INTO db1.table1
SELECT *
  FROM db2.table2 t2
 WHERE NOT EXISTS(SELECT NULL
                    FROM db1.table1 t1
                   WHERE t1.col = t2.col)

Existence je zjednodušená, ale vynechali jste, zda existuje primární klíč/auto_increment, o který byste se měli starat/atd.