Mysql:neznámá proměnná, nelze spouštět žádné aplikace mysql, nezdá se, že by to mělo společného s my.cnf

za předpokladu, že váš dobrý konfigurační soubor je /etc/my.cnf (což nemusí být), upravte svůj init soubor mysql a přidejte --init-file /etc/my.cnf do příkazu mysqld, abyste se ujistili, že skutečně čte z init souboru, o kterém si myslíte, že čte.