Příkazy DDL způsobují implicitní potvrzení a nemůžete s tím nic dělat. Neexistuje způsob, jak toto chování zastavit.
Které příkazy DDL mají toto chování se v průběhu času mění, takže musíte zkontrolovat svou verzi.
5.1 http://dev.mysql.com/doc/refman/5.1/en/implicit-commit.html
5.5 http://dev.mysql.com/doc/refman/5.5/en/implicit-commit.html
5.6 http://dev.mysql.com/doc/refman/5.6/en/implicit-commit.html
Když právě rozšiřujeme schéma, nové tabulky/sloupce/views/procs/atd., které neovlivní stávající kód, pak je automatizace v pořádku, stačí zkontrolovat chyby a opravit je.
Když ovlivní stávající kód, musíte vymyslet strategii případ od případu. Protože neexistuje žádné vrácení zpět, potřebujete svůj vlastní plán zálohování a musíte jej důkladně otestovat.
Vzhledem k tomu, že je to případ od případu, není toho mnoho, co mohu nabídnout, jak pomoci pro vaši konkrétní situaci.