Díval jsem se na špatné místo! Problém nepocházel z běžce, ale ze samotného SONARu. Musel jsem změnit konfigurační soubor sonaru '/opt/sonar' a restartovat jej. Na stránce nastavení nyní vidím, že sonar běží na mysql. Potýkám se s jiným problémem s běžcem, ale nesouvisí s problémem výše.
V zásadě se tedy ujistěte, že SONAR i SONAR-RUNNER jsou nakonfigurovány pro práci s mysql.