Ano, toto je slabé omezení MySQL. Pokud procházíte aplikací, můžete přidat volání time() pro sloupec created_at a nechat sloupec updated_at používat CURRENT_TIMESTAMP.
$sql = "INSERT INTO my_table SET name = 'Mike', created_at = " . time();
Rozhodl bych se to provést ve sloupci created_at, protože se pravděpodobně nebude dotýkat tak často jako sloupec updated_at.
-- Upravit --
Ještě lépe, použijte vestavěné now() MySQL funkce. Tímto způsobem se musíte zabývat pouze časovým pásmem serveru mysql, nikoli časovými pásmy aplikačního serveru A serveru mysql.
$sql = "INSERT INTO my_table SET name = 'Mike', created_at = NOW()";