Ověřte si to sami, víte, co ve své GIS aplikaci hledáte:http://www.bostongis.com/PrinterFriendly.aspx?content_name=sqlserver2008_postgis_mysql_compare
Obecně je PostGIS mnohem vyspělejší a velmi flexibilní. Můžete vytvořit jakoukoli funkci, operátor, typ indexu nebo cokoli jiného. Nemá (téměř) žádné limity.