Počítání všech řádků v tabulce je velmi pomalá operace; nemůžete to opravdu urychlit, pokud nejste připraveni počítat někde jinde (a samozřejmě to může být nesynchronizované).
Lidé, kteří jsou zvyklí na MyISAM, mají tendenci si myslet, že dostanou count(*) „zdarma“, ale ve skutečnosti tomu tak není. MyISAM podvádí tím, že nemá MVCC, díky čemuž je to docela snadné.
Dotaz, který zobrazujete, provádí úplné skenování indexu nenulového indexu, což je obecně nejrychlejší způsob počítání řádků v tabulce innodb.
Z informací, které jste uvedli, je obtížné odhadnout, co je vaše aplikace, ale obecně je v pořádku, že uživatelé (atd.) vidí ve velkých tabulkách blízké přibližné hodnoty počtu řádků.