Pokud die zabije připojení k mysql, pak ano, transakce je uzavřena. Pokud necháte transakci viset, dostanete se do problémů.
Doporučil bych se ujistit, že transakce a potvrzení jsou ve stejném mysql_query, pokud je to vůbec v lidských silách zajistit, aby k tomu skutečně došlo.