S největší pravděpodobností je síť vypnutá, to znamená, že mysql server komunikuje s klienty přes UNIX sockety a ne přes TCP/IP. Můžete to zkontrolovat spuštěním klienta mysql a spustit příkaz "status". Pokud tam vidíte číslo portu, pak váš mysql server komunikuje přes TCP/IP, jinak uvidíte něco jako „socket pathname…“, získejte cestu a zadejte ji do parametrů připojení node.js, např.
...socketPathname:'/opt/lampp/var/...',...
Podívejte se na to v https://github.com/felixge/node-mysql stránku (hledejte "socketPathname")
Doufám, že to je váš problém.