jak mysql_fetch_array na spojených tabulkách, ale sloupce mají stejný název

Tvůj odhad byl správný. Musíte vytvořit ALIAS pro sloupce, abyste jej mohli načíst jedinečně,

SELECT a.name Name1, b.name Name2
FROM tablea a 
JOIN tableb b ON a.id = b.id

pak můžete volat

$row['Name1']