Je v Sequel Pro zabezpečené standardní připojení mysql přes port 3306?

Není to výchozí, ale mysql podporuje ssl.

https://dev.mysql.com/doc /refman/5.5/en/using-encrypted-connections.html

Je tedy pravděpodobné, že ano, vaše přihlašovací údaje létají v prostém textu a mohou být snadno zachyceny čichačem.

Pokud se vám nedaří přimět svého poskytovatele, aby nakonfiguroval mysql ssl, možná můžete nejprve vpn do sítě, kde žije server mysql, a poté se připojit k 3306? Asi to záleží na tom, jaké možnosti vám poskytne váš poskytovatel.