Zkontrolujte konfiguraci dvou motorů. Je možné, že konfigurace vašeho enginu InnoDB je pro vaše vyhledávání efektivnější než způsob, jakým máte nastaven MyISAM.
Klíčová konfigurační hodnota je innodb_buffer_pool_size, což je místo, kde InnoDB ukládá data (a indexy, ale nemáte žádné indexy).