Kromě komentářů jsem našel další důvod, který by mohl způsobit problém, že nejsou uvedena žádná schémata:
Narazil jsem na to při pokusu o připojení k jiné databázi s jinými schématy než dříve.
Přejděte na Projekt -> Vlastnosti -> JPA a deaktivujte/zrušte zaškrtnutí Přepsat výchozí schéma z připojení
Pokud je vybráno schéma, které ve vybrané databázi neexistuje, žádná schémata se při vytváření entit nezobrazí. Pro mě byl problém v tom, že Eclipse se předtím pokoušel zobrazit schéma z databáze.