Myslím, že toto je to, co chcete:
SELECT date(time),
count(distinct userid) / cd.cnt
FROM activity_entries ae join
(select count(distinct userid) as cnt
from activity_entries) cd
GROUP BY date(time);
Pomocí dílčího dotazu vypočítá celkový počet různých uživatelů v tabulce a poté vydělí počet uživatelů za každý den, aby získal poměr.