Zdá se, že máte nějaké syntaktické chyby v dotazu SQL, zkuste to nejprve zkontrolovat.
Podařilo se mi importovat 800 MB databázi pomocí příkazového řádku.
Vyzkoušejte :
mysql -p -u username -h 127.0.0.1 database < database.sql
Dejte mi vědět, jestli to funguje.