Záleží na vaší potřebě dat na konci dne. Potřebujete umět provádět audity dat mimo procházení souboru. Pokud nepotřebujete data procházet nebo je ukládat navěky, pak bude plochý soubor rychlejší než MySQL, s největší pravděpodobností, pokud pouze připojujete na konec souboru.
Pokud potřebujete, aby byla data užitečnější, budete je chtít uložit do mysql. Navrhoval bych, abyste svou tabulku strukturovali takto:
id int
timestamp datetime default now()
desc varchar
Tímto způsobem nemusíte ve skutečnosti vytvářet časové razítko v PHP a nechat pracovat mysql, pak budete moci provádět složitější dotazy mimo svůj stůl. Dalším faktorem, na který byste se však měli zamyslet, je objem dat vstupujících do této tabulky, protože to také ovlivní vaše konečné rozhodnutí.