Potýkal jsem se se stejným problémem. Kromě použití těchto:
cnxn.setdecoding(pyodbc.SQL_CHAR, encoding='utf-8')
cnxn.setdecoding(pyodbc.SQL_WCHAR, encoding='utf-8')
cnxn.setencoding(encoding='utf-8')
Přidáním tohoto se problém vyřešil:
cnxn.setdecoding(pyodbc.SQL_WMETADATA, encoding='utf-32le')