Proč potřebujete Connector/C postavený s Cygwin? Nestačila by normální win32 libmysql.dll?
Pár nápadů, jak to zkompilovat:
a) pokoušíte se zkompilovat Connector/C s gcc jako kompilátor C++, raději to nedělejte. Použijte g++.
b) udělat . -DSKIP_SSL=1 (pohled do souboru CMakeLists.txt naznačuje, že odstraní yassl)
A ano, MySQL opustilo cygwin (a už ho mnoho let nepodporovalo). Nevím, co by mohlo přimět Oracle, aby to znovu povolil, v současné době se spíše snaží omezit podporu platforem (např. HPUX a AIX jsou opuštěny). Osobně bych také neviděl velkou hodnotu v portu Cygwin, není to nejžhavější platforma, pokud můžete použít nativní port Windows.