Odstraňte lomítka v dotazu node js mysql

Neměli byste sami přidávat uvozovky kolem ? zástupný symbol. Odstraňte je.

Měli byste také předat pole, nikoli řetězec. Za předpokladu, že se jedná o čistý řetězec, stačí použít split .

connection.query(
      "delete from userFiles where type = 1 and typeId = " + taskId +
      " and fileName NOT IN (?) ", [oldFileNames.split(/,\s*/)],
      function (err, rows) {