Protože na straně serveru jsou připravená prohlášení ve výchozím nastavení zakázáno z Connector/J 5.0.5 na , existuje velká šance, že v kombinaci se zavedením frakční druhá podpora v MySQL 5.6.4 způsobují váš problém.
Zkuste přidat useServerPrepStmts=false k vašemu připojovacímu řetězci (což by také mělo zajistit, že System.out.println skutečně vytiskne SQL, který je proveden, a ne pouze aproximaci).