Zkouším to tady (nejsem si 100% jistý), ale zkusili jste přidat cílové sloupce takto:
mysql_query("LOAD DATA LOCAL INFILE '".$_FILES['my_file']['tmp_name']."'
INTO TABLE table_tracking FIELDS TERMINATED BY ','
OPTIONALLY ENCLOSED BY '\"'
LINES TERMINATED BY '\n'
(tracking_number,order_id)");
V tabulce máte tři sloupce a poskytujete pouze dva údaje.