Perzistence WebSphere MQ je vždy lokální souborový systém pro distribuované platformy. Na sálových počítačích je možnost použití databáze DB2 v komplexu Sysplex se zařízením Coupling Facility, ale pro všechno ostatní je to souborový systém.
Pro klienty WebSphere MQ také neexistuje žádná lokální perzistence. Zprávy zachová pouze správce fronty.
V rodině WebSphere má sběrnice System Integration Bus produktu WebSphere Application Server schopnost používat databázi pro zachování své zprávy. SIBus je implementace JMS poskytovaná s WAS pro výměnu zpráv v buňce WAS a mezi instancemi WAS.