K tomu slouží skryté vstupy. Přidejte jeden pro své ID:
<input type="hidden" name="id[]" value="<?=$rows['id']?>" />
Také nemusíte ukládat počet. Počet položek v poli můžete spočítat pomocí count($id) .
Nakonec své vstupy dezinfikujte. Nikdy nevkládejte data odeslaná uživatelem přímo do dotazu. Použijte intval pro celá čísla a mysql_real_escape_string pro řetězce nebo použijte připravené příkazy.