1. Nepoužívejte file() pokud opravdu nechcete data řádek po řádku. file_get_contents() je lepší.
2. $query==file($file_name); Nemyslím si, že zde chcete provádět srovnání.
3. mysql_query vždy provede pouze jeden dotaz najednou. Budete muset vymyslet nějaký způsob, jak oddělit své dotazy v souboru a spouštět je jeden po druhém.