Dobře $company->employees vrátí kolekci ->id není vlastnost v kolekci, proto se zobrazí chyba.
Pokud chcete načíst pole obsahující všechna ID vašich zaměstnanců, můžete to udělat takto:
$company->employees()->lists('id');
Pokud toto čtete a používáte laravel ^5.3.* pak by odpověď byla:
$company->employees()->pluck('id');
To by vrátilo kolekci se všemi ID, pokud chcete, aby to bylo pole, můžete zřetězit ->toArray() za tím.