Nevypadá to, že by mysqlimport mohl číst ze STDIN, ale možná můžete experimentovat s pojmenovanou rour . Něco takového (netestováno)
mkfifo bigfile
mysqlimport -uuser -ppassword Database bigfile &
cat genome | nawk > bigfile
Nebo můžete použít rozšíření bash, aby se spouštěly příkazy místo souborů
mysqlimport -uuser -ppassword Database <(cat genome | nawk)