Po trochu dalším hledání jsem našel následující odkaz, který naznačuje, že se jedná o chybu MySQL:https://groups.google.com/forum/#!topic/sqlalchemy/ajYLEuhEB9k
Naštěstí deaktivujeme supports_san_multi_rowcount pomohl!
engine = engine_from_config(settings, 'sqlalchemy.')
engine.dialect.supports_sane_rowcount = engine.dialect.supports_sane_multi_rowcount = False
Pro mě zatím dost dobrý. Zde jsou další zajímavé zdroje, které jsem po cestě našel v souvislosti s postgresql:https://bitbucket.org/zzzeek/sqlalchemy/issue/3015/deletes-executed-twice-when-using