Ano, můžete.
Funkce je na relaci, ale je také platná pouze pro úplně poslední dotaz.
To znamená, že nikdy nebudete mít jednoho uživatele, který "znečišťuje" last_insert_id jiného, ale nemůžete obnovit insert_id ze dvou vložených položek. Pokud potřebujete provést několik vložení za sebou a nebudete potřebovat ID až později, nastavte je jako proměnné:
INSERT INTO ...
SET @foo_id = LAST_INSERT_ID();
INSERT INTO ...
SET @bar_id = LAST_INSERT_ID();
INSERT INTO some_join_table VALUES (@foo_id, @bar_id);