Jednoduše přidejte --quiet flag (ignorovat aktualizace stavu, když jsou úlohy spuštěny) a převést jej do awk :
query1="bq query --quiet --format=csv 'SELECT COUNT(1) as Count FROM [dataset.tablename] WHERE _PARTITIONTIME = TIMESTAMP(\"$date\")' | awk '{if(NR>1)print}'"
