Z dokumentace :
U tabulek InnoDB je OPTIMIZE TABLE mapována na ALTER TABLE, která znovu sestaví tabulku tak, aby aktualizovala statistiku indexu a uvolnila nevyužité místo v klastrovaném indexu. Počínaje MySQL 5.1.27 se toto zobrazí ve výstupu OPTIMIZE TABLE, když ji spustíte na tabulce InnoDB, jak je znázorněno zde:
mysql> OPTIMIZE TABLE foo;
+----------+----------+----------+-----------------------------------------------------------
| Table | Op | Msg_type | Msg_text
+----------+----------+----------+-----------------------------------------------------------
| test.foo | optimize | note | Table does not support optimize, doing recreate + analyze ...
| test.foo | optimize | status | OK
+----------+----------+----------+-----------------------------------------------------------
OPTIMIZE TABLE můžete zajistit, aby fungovala na jiných úložných strojích, když spustíte mysqld s volbou --skip-new nebo --safe-mode. V tomto případě je OPTIMIZE TABLE pouze mapována na ALTER TABLE.